第二会社方式にはいくつかメリットがありましたが、デメリットもあります。
第二会社方式の問題点について。
１）許認可の取得や承継に費用と時間がかかる
第二会社方式で法人を設立すると、事業開始のために許認可を取得し、もしくは承継しなくてはなりません。
取得・承継にかかるコストが高ければ計画を見直す必要があり、時間がかかると空白期間も空いてしまいます。
２）不動産など資産の移転に伴う税負担
移転するには登録免許税や不動産取得税も掛かってくるため、税負担があります。
３）会社分割と事業譲渡、どちらにすべきか？
第二会社方式で会社分割か事業譲渡を選ぶ時、どの方法を選ぶかも重要です。
会社分割だと包括承継になり、消費税がかかりません。
税制面も優遇されており、手続きもある程度簡単（包括承継と言う意味では）に行えますが、簿外債務リスクが高まります。
事業譲渡だと個別承継となるので税制面の優遇が得られません。消費税がかかります。
許認可などの取得にも新規手続で時間が掛かってしまいやすいですが、簿外債務を引き継がなくても良いというのはメリットです。
４）資金調達・資金繰りが難しくなる
第二会社方式では当面の運転資金を準備しておくことが重要です。
新設会社が金融機関から融資を受けられる可能性が低いからです。
特に銀行は簡単に債権放棄せず、新設会社と旧会社は1つという考え方だと、融資を受けられません。
